Nathan Vannier: Combiner communautés microbiennes synthétiques et approches -omiques pour l'étude des interactions plante-microorganismes

Nathan Vannier, CR INRAE à Rennes fraichement recruté. Nathan est membre du jury de Théophile Franzino.

Comprendre les fonctions microbiennes et les fonctions de l’hôte qui maintiennent l’homéostasie de l’holobionte plante et évitent la dysbiose est un objectif majeur pour le développement de solutions durables de bioprotection. Notre compréhension de ces interactions plante-microbiote au niveau génomique a largement progressé grâce aux efforts massifs de séquençage des génomes et des métagénomes microbiens. Notre connaissance de l'expression des gènes microbiens in planta et de l'investissement des microorganismes dans différentes fonctions reste cependant fragmentaire. De la même manière, les voies métaboliques de l’hôte assurant le contrôle de ce microbiote restent peu connues. En combinant des approches -omiques avec des communautés microbiennes synthétiques, nous avons étudié les gènes microbiens requis pour la survie dans l'environnement racinaire ainsi que l’importance de voies métaboliques clés de l’hôte pour le maintien de l’homéostasie de l’holobionte. Nos résultats mettent notamment en évidence d’une part que des gènes microbiens communs et conservés entre de nombreuses souches sont requis pour la survie en environnement racinaire, et d’autre part que l’intégrité du microbiote et de la voie du tryptophane est requise pour le control du microbiote et l’évitement de la dysbiose chez Arabidopsis Thaliana.​

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