Plateforme Biomolecules

Le développement des approches de génomique fonctionnelle et de biologie intégrative chez les microorganismes a engendré des besoins croissants en chimie analytique. L’objectif de la plateforme Biomolécule est de développer de nouvelles méthodes de séparation et quantification de métabolites par HPLC (Chromatographie Liquide Haute Pression).

Cette plateforme est dotée d’un système de pompes quaternaires (Waters alliance 2795), couplé à différents détecteurs : UV-visible à barrettes de diodes (Waters 2996), fluorimètre (SFM25, Kontron), et un conductimètre (Waters 432). Les données sous acquises sous MassLink. A titre d’exemples, divers métabolites ont été caractérisés :

• La cinétique de molécules comme le KDG (2-keto-3-deoxygluconate), l’AMPc a été suivie par HPLC en utilisant des sondes appropriées en relation avec l’induction de l’expression des gènes pel (mesure de l’activité des pectates lyase) impliqués dans les processus d’infection de Dickeya dadantii en vue de modéliser le système (Biologie des Systèmes, CRP).

• La quantification de l’acide oxalique (GFCP) par HPLC dans un mutant de signalisation de la voie pH, PacC, et dans les bactéries du sol capables de dégrader cet acide (M2E).

• Les acides citrique, lactique, acétique, succinique a été réalisée lors de l’étude du microbiome des fèves de cacao en fermentation pour la production de chocolat (Université d’Abidjan, UFR Biosciences, CRP, et SMAL).

• La molécule signal indole a été quantifiée dans les cultures bactéries grâce à une méthode colorimétrique développée au sein de la plateforme et par HPLC en utilisant une détection UV et/ou par fluorescence (MTSB).

• La plateforme réalise aussi la quantification des acides aminés, des thiols en utilisant des sondes appropriées, et les métabolites secondaires. La caractérisation structurale des molécules est aussi réalisée en collaboration avec la plateforme CESN du Laboratoire d’Ecologie Microbienne (LEM).