Microbiologie des Environnements Extrêmes

L'équipe M2E a pour ambition de comprendre et caractériser l'adaptation des microorganismes aux conditions extrêmes. En effet, il existe une grande variété de milieux extrêmes sur Terre (salinité, température, pression, pH, impact anthropique, etc.) qui hébergent des communautés microbiennes adaptées aux conditions considérées comme hostiles. L’originalité de l’équipe est d’évaluer la diversité des microeucaryotes, bactéries et archées afin d’appréhender les interactions mises en jeu dans les milieux extrêmes, et de décortiquer les mécanismes moléculaires adaptatifs spécifiques à certains groupes d’archées tels que les Thermococcales ou les Methanococcales ainsi que des phyla plus récemment décrits, tel que les Woesearchaeota, pour lesquels peu de choses sont connues.  L’étude des microorganismes colonisant les milieux extrêmes est cruciale pour (1) faire la lumière sur des mécanismes adaptatifs inédits, (2) comprendre les origines de la vie dans les premiers environnements sur Terre, et (3) identifier de nouvelles sources de gènes d'intérêts biotechnologiques.  Les thématiques de l’équipe s’articulent autour de trois axes de recherche, actuellement financés par plusieurs projets :   

• Axe 1 : Etude des bases moléculaires et structurales de l'adaptation aux conditions extrêmes, de la molécule à la cellule.

1. - ANR PRC Archaeomembrane (PI: P. Oger), 2017-2022 - 478 796€
2. - ANR PRC ThermAdapt (PI: C. Brochier-Armanet), 2023-2026 – 498 079€
3. - Soutien par la MITI CNRS Adaptation du vivant, MITI CNRS Global Change, MITI CNRS Modélisation du vivant

• Axe 2. Etudes des bases génétiques de l'adaptation aux conditions extrêmes, de l'ecosystème à la cellule.

1. - ANR PRC Subsilake (PI: M. Ader, IPGP Paris), 2022-2025 - 797 887€
2. - ANR JCJC MARWEL (PI: M. Hugoni), 2022-2025, 290 528€
3. - Projet Institut Universitaire de France (PI: M. Hugoni), 2021-2026, 75 000 euros
4. - MITI CNRS Origines du vivant (PI: M. Hugoni), 2020-2021, 43 000 euros
5. - Projet SENS de l’Université Claude Bernard Lyon 1 (PI: M. Hugoni), 2023-2025, 100 000€

• Axe 3 : Développement de solutions de bioremédiation.

1. - ANR PRC MetHalo (PI: P. Oger), 2022-2026 – 883 994€
2. - Projet BQR INSA Lyon (PI: B. Sialve, collaboration M. Hugoni), 2023-2024 – 32 500€

Pour répondre à ces problématiques, l’équipe M2E utilise une approche multidisciplinaire tirant partie d'outils de microbiologie classique, de biologie moléculaire, de mise en culture, de biologie de synthèse, d’approches méta-omiques, de microfluidique, de cytométrie, de biophysique.