Mylène Hugoni a obtenu le financement de recherche "Amorçage" de la Région Rhône Alpes Auvergne

Dans les écosystèmes naturels, les microorganismes se développent le plus souvent sous la forme de réseaux d'interactions complexes, plutôt que de populations isolées fonctionnant seules. Ces interactions microbiennes sont essentielles à l'établissement et au maintien des communautés microbiennes, ainsi qu'au maintien des processus écologiques et, par conséquent, au fonctionnement des écosystèmes. L'étude des interactions microbiennes dans les écosystèmes naturels et l'identification des mécanismes moléculaires sous-jacents constituent l'objectif ultime des microbiologistes, mais ce n'est pas une tâche facile en lien avec la complexité des milieux naturels et les limites méthodologiques actuelles. 

L'une des découvertes capitales de la dernière décennie en écologie microbienne est l'existence, l'ubiquité et l'abondance d’Archaea nanométriques dans tous les écosystèmes naturels sur Terre, y compris les microbiomes humains et animaux. Des études récentes ont suggéré que les nanoorganismes, qu’ils soient bactéries ou archées, pourraient moduler les assemblages, le fonctionnement et les interactions des microbiomes, altérant ainsi l'équilibre « One Health » et soulignant la nécessité de réévaluer la dynamique des interactions microbiennes à travers le monde. Cependant, très peu de représentants cultivés sont disponibles à ce jour limitant notre compréhension de leur mode de vie, de leur écologie et donc de leur rôle dans les écosystèmes. Pour parvenir à une compréhension intégrée du fonctionnement des écosystèmes, il est indispensable d'examiner la dynamique et l'évolution de ces nanoorganismes et la manière dont ils interagissent avec d'autres micro-organismes.

Le projet financé par l’AAP Amorçage de la Région Rhône Alpes Auvergne propose de faire la lumière sur un groupe particulier d’Archées nanométriques, affiliées au superphylum DPANN. La plupart des informations sur les membres du superphylum DPANN reposent sur une dizaine de représentants cultivés avec leur hôte et sur plusieurs centaines de génomes reconstruits in silico. Alors que les reconstructions bioinformatiques prévoient des capacités métaboliques limitées pour la plupart des lignées, certaines font état de capacités beaucoup plus étendues, suggérant un possible mode de vie libre. Ce projet s'appuiera sur un écosystème très particulier, le lac Dziani Dzaha (Mayotte). Ici, les DPANN, et en particulier le phylum Woesearchaeota, sont naturellement abondants, ce qui en fait un endroit idéal pour étudier la dynamique, l'évolution et les interactions des DPANN. 

Ce projet a pour vocation à obtenir plus de résultats en vue du dépôt d’une ERC Consolidator en Janvier 2026 par Mylène Hugoni, MCU UCBL IUF.