Génomique fonctionnelle des champignons phytopathogènes
Les champignons phytopathogènes sont capables de mettre en place des processus infectieux complexes nécessitant la différenciation de structures spécialisées, une adaptation aux conditions nutritionnelles que constitue l’hôte végétal, et enfin la mise en place de mécanismes permettant de contrer les réponses de défenses des plantes. Nos objectifs concernent l’étude des mécanismes moléculaires essentiels au processus infectieux des champignons phytopathogènes, et en particulier l’identification de nouvelles fonctions cellulaires et métaboliques associées spécifiquement aux phases précoces du cycle infectieux (germination de la spore, différenciation de structures de pénétration, colonisation précoce).
Notre modèle d’étude principal est le champignon nécrotrophe Botrytis cinerea responsable de la pourriture grise sur plus de 500 plantes dicotylédones parmi lesquelles la vigne, ou de nombreuses plantes maraîchères (tomate, haricot, fraise…). Il présente la particularité de développer deux types de structures spécialisées dans la pénétration de la plante, un appressorium simplifié et un coussin d’infection. Une fois entré dans la plante hôte, il détruit les tissus à distance en sécrétant des enzymes de dégradation, des acides organiques, des phytotoxines ou encore des espèces réactives de l’oxygène puis progresse dans les tissus morts dont il se nourrit comme un saprophyte. Les génomes de B. cinerea et de plusieurs plantes hôtes sont séquencés (vigne/tomate/fraise/Arabidopsis) ce qui permet l´utilisation d´approches de génomique et d’aborder le dialogue moléculaire mis en place lors de l´interaction. Nous avons également créé une collection de 2500 mutants d’insertion de B. cinerea permettant d’identifier de nouveaux gènes de pathogénie représentant de potentielles cibles antifongiques. Nous développons plusieurs axes de recherche visant à caractériser des fonctions biologiques importantes dans les stades précoces de l’infection : trafic vésiculaire, cytosquelette de microtubules, paroi fongique. Notre équipe a la particularité d’être intégrée au département de Biologie du centre de recherche de Bayer CropScience à Lyon, spécialisé dans la recherche de nouvelles solutions phytosanitaires pour la protection des cultures végétales.