Équipes de recherche

OGER Philippe

04 72 43 60 01

Directeur de recherche CNRS

(orcid GoogleScholar Loop)

Les recherches de l'équipe Microbiologie des Milieux Extrêmes (M2E) visent à comprendre au niveau moléculaire et génétique le comportement et les adaptations des procaryotes en réponse aux stress environnementaux.
Le but est d'explorer les limites de la vie dans la biosphère profonde en lien avec l'origine de la vie, avec une focalisation sur les aspects d'adaptation aux hautes pressions hydrostatiques, températures et salinités que l'on rencontre dans les systèmes hydrothermaux des océans profonds. Ces dernières années nous avons développé deux organismes hyperthermophiles piézophiles, e.g. Thermococcus barophilus and Pyrococcus yayanosii, comme modèles génétiques pour l'étude de l'adaptation à la haute pression hydrostatique.
Notre approche est volontairement multi-disciplinaire (a-discplinaire) car elle cherche à comprendre l'adaptation physiologique des cellules au niveau atomique, en utilisant pour cela des approches allant de la physique atomique (diffusion et diffraction neutronique) aux méthodes de pointe la biologie actuelle (approches multi-omiques).
Cette combinaison d'approches a permis plusieurs avancées significatives récentes:- la description du premier modèle atomique de l'adaptation à la haute pression hydrostatique (Martinez 2016; Cario 2016; Salvador-Castell 2019)- la proposition d'une nouvelle architecture de membrane en lien avec l'adaptation conjointe aux hautes pression et température (Cario 2015; Salvador-Castell 2020; Salvador-Castell 2020).- la mise en évidence de la structuration latérale de la membrane chez les Archaea (Salvador-Castell 2020), c'est à dire la possibilté de la présence de radeau lipidiques chez les Archées. Cette propriété implique la possibilité pour la cellule archéenne de posséder des domaines membranaires de fonction différentes, un propriété qui est ancienne (Tourte 2020) et partagées dans les 3 domaines du vivant.

Projet en cours:

Adaptation de la membrane chez les Archées
- ANR ArchaeoMembranes (17-CE11-0012-01, 2018-2022)
- MITI Origines projet Research (2018-2019)
- MITI Adaptation projet AdaptHalo (2020-2021)
 
Adatation moléculaire du protéome à la pression hydrostatique
- MITI Adaptation projet OriginsAtPressure (2020-2021)
 
Grand Instruments
Institut Laue Langevin (ILL, source de neutrons, Grenoble)
Swiss Light Source (SLS, Villingen, Suisse)
Diamond Light source (Synchrotron, Harwell Campus, UK)
RMN Bordeaux
 
Réseau collaboratif- Pr F. Popowycz (ICBMS, INSA de Lyon), chimie organique de synthèse
- Pr J. Peters (LIPhy, U. Grenoble Alpes), Physique neutronique.
- M. Hugoni (LEM, U. Lyon) Ecologie des environnements extrêmes.
- V. Grossi (LGL, U. Lyon), Géochimie organique.
- P. Schaeffer (ICS, U. Strasbourg), Géochimie organique.
- S. Uroz (IAM, INRA Nancy), altération microbiologiques des minéraux.
- Pr C. Roumestand (CBS, U. Montpellier), RMN des protéines sous pression hydrostatique.
- Pr N. Brooks (Imperial College London, UK), Analyses physique et chimique en conditions de HHP (lipides).
- Pr. Dr. R. Winter (UT Dortmund, Germany), Analyses physique et chimique en conditions de HHP (protéines et lipides).
- L. Zhang, (Yangzhou University, China), Biochimie de la réparation de l'ADN.
- Pr X. Xiao and Pr J. Xu (U. Jiao Tong Shanghai, China), culture des extrêmophiles sous HHP.
- V.T. Marteinsson and P. Vannier (MATIS, Iceland), culture des extrêmophiles.
- A.V. Lebedinsky (U. Moscow, Russia), culture des extrêmophiles.
 
Partenaires Industriels
- MDB Texinov (Saint-Didier), spécialiste des textile techniques.
- Ségula Technologies (Nanterre), leader mondial de l'ingénierie.