Prodigiosinella aquatilis

La famille des Pectobacteriaceae comprend des agents phytopathogènes capables de provoquer diverses maladies, y compris la macération des plantes due à la production de pectinases perturbant la paroi cellulaire de la plante. Afin de mieux comprendre leur diversité, une étude des bactéries pectinolytiques a été réalisée dans des lacs saumâtres de la région française de La Camargue, près de la mer Méditerranée. Le génome de six isolats atypiques a été séquencé ; leur taille est d'environ 4,8 à 5,0 Mb, y compris un plasmide de 59 à 61 kb ; leurs valeurs G+C varient de 49,1 à 49,3 mol%. Les analyses phylogénétiques indiquent que les nouvelles souches forment un nouveau clade de Pectobacteriaceae qui se ramifie à la base du groupe englobant les genres Lonsdalea, Musicola et Dickeya. Sur la base des caractéristiques phénotypiques, génomiques et phylogénétiques, nous proposons la création d'un nouveau genre sous le nom de Prodigiosinella gen. nov. Les analyses phénotypiques et phylogénétiques ont séparé les souches en deux sous-groupes distincts, G1 et G2. La souche type LS101(T) (CFBP 8826(T) = LMG 32072(T)) et la souche CE70 (CFBP 9054 = LMG 32867) sont des membres représentatifs des sous-groupes G1 et G2, respectivement. Trois méthodes génomiques ont été utilisées pour analyser la parenté ADN-ADN : l'hybridation numérique ADN-ADN (isDDH), l'identité nucléotidique moyenne (ANI) et la fraction d'alignement du génome (AF). Elles ont révélé une relation étroite entre les génomes des deux groupes, soutenant leur appartenance à une même espèce pour laquelle nous proposons le nom de Prodigiosinella aquatilis sp. nov.